Projects

146 project(s) on this page

Project Selected Spr Newest Outdated Ignored
andi 0.13 7 0.145 0.13 0.12 0.9.6.1 0.14.3
aragorn 1.2.38 6 1.2.415 1.2.382 1.2.36
arcs 1.2.1 2 1.2.5
artemis-genome-viewer 17.0.1 4 18.2.02 18.1.0 17.0.1.11 17.0.1 16.0.17 16.0.0
bali-phy 3.6.0 4 4.0 4.0~beta16 4.0-beta10 4.0~beta2 3.6.13 3.6.0 3.4.1 3.4
bandage 0.8.1 5 0.9.03 0.8.12
bbtools 38.87 2 39.28 1.9
bcalm 2.2.2 3 2.2.3 2.2.1 2.2.0.r49.g890ea4a
beast2 2.6.3 5 2.7.72 2.7.6 2.7.4 2.7.3 2.6.6 2.6.3 2.6.0 2.5.1 2.4.7 2.4.4
bfc r181 5 1.12.0 1.0.1 0.2 g20150417
bifrost 1.0.5 6 1.20.22 1.3.52 1.3.1
blat 36 5 37 34 3.2.24 3.2.1 3.1.1 3.0.7 3.0.2 3 2.7.6 2.6.2
bmdca 0.8.12 2 0.8.13
bowtie 1.3.0 12 1.3.111 1.3.03 1.2.32 1.2.2 1.1.2 1.0.0 0.12.7
bracken 2.6.0 3 3.1 2.9
breseq 0.35.4 2 0.39.0 0.38.1 HEAD
busco 5.0.0 4 5.5.0 5.4.4 5.4.3 5.2.2 5.0.0 3.0.0
bwa-mem2 2.0 5 2.2.13 r183.d43752d 2023-03-18
canu 1.9 6 2.3 2.24 2.0 1.9 1.8 1.6 2.2.r162.gc61ebbb7a
cap3 2015-02-11 3 20091029 2015-02-11
centrifuge 1.0.3 6 1.0.4.23 1.0.4.1 1.0.4 1.0.3 1.0.3~beta
circlator 1.5.5 2 1.5.6 1.5.5
clonalframeml 1.12 3 1.132 1.12 1.11
cutadapt 3.3 5 5.1 4.9 4.0 1.14
delly 0.8.5 5 1.3.32 1.3.1 1.2.6 1.1.82 1.1.62 0.9.1 0.8.7 0.8.3 0.8.2 0.8.1
dida 1.0.1 3 6.0.30 6.0.6.0 6.0.5.0 6.0.4.0 6.0.3.0 6.0.2.0 6.0.1.0 6.0.0.1 6.0.0.0 5.5.0.0 5.4.0.0 5.3.0.2 5.2.0.0 5.1.0.0 5.0.6.0 5.0.5.0 5.0.4.0 3.7.8.8 1.0.4 1.0.4.r5.gbcb26e5 6.3.2.0 6.3.1.2 6.3.1.1 6.3.1.0 6.3.0.2 6.3.0.1 6.3.0.0 6.2.4.5 6.2.4.0 6.2.3.0 6.2.2.0 6.2.1.0 6.2.0.0 6.1.6.0 6.1.5.0 6.1.4.0 6.1.3.0 6.1.2.0 6.1.1.0 6.1.0.0
dssp 3.1.4 10 4.5.32 4.5.02 4.4.112 4.4.103 4.4.7 4.4.5 4.2.2.1 4.2.2 4.0.5 4.0.4 4.0.0 3.1.43 3.0.02 2.2.13
dwgsim 0.1.12 2 0.1.14 0.1.13 0.1.12 0.1.11
e-mem 1.0.1 4 28oct2015 1.0.12
easel 0.46 2 0.49
exabayes 1.5 3 1.5.12
falco-fastqc 0.2.4 3 1.2.3 1.2.1
fasta 36.3.8h 7 36.3.8i2 36.3.8h_2020-05-04 36.3.8h.2020-02-11 36.3.8h2 36.3.8g2 36.3.8d 36.3.8 21.1.1 36.3.8i.2023.09t 36.3.8i.14-Nov-2020
fastani 1.32 6 1.344 1.33
fastp 0.20.1 10 1.0.12 0.26.02 0.24.12 0.24.03 0.23.44 0.23.3 0.23.23 0.22.0 0.20.1 0.20.0 0.19.6
filtlong 0.2.0 5 0.2.13 0.2.0-1.d1bb46d 0.2.0
finch-rs 0.3.0 2 0.6.2
flye 2.8.3 3 2.9.62 2.9.52 2.9.42 2.9.3 2.9.1 HEAD
freebayes 1.3.2 8 1.3.10 1.3.94 1.3.7 1.3.62 1.3.52 1.3.2 1.3.1 1.2.0 1.1.0 HEAD
gatk 4.2.0.0 6 4.6.2.02 4.6.1.03 4.5.0.02 4.4.0.0 4.3.0.0 3.8-1
gemma 0.98.4 5 0.98.53 0.98.4 0.98.3 0.98.1
gffcompare 0.12.1 5 0.12.62 0.12.2 0.10.15-1.be56ef4
hmmer 2.4i 17 3.411 3.3.25 3.3 3.2.1 3.1beta2 3.1b2 3.1_beta2 3.1b1 3.02 3 2.4i 2.3.23
infernal 1.1.3 8 1.1.55 1.1.42 1.1.3 1.1.2 1.1.1 1.1~rc4 1.0.22
iqtree 1.6.12 7 3.0.1 2.4.0 2.3.6 2.3.4 2.2.2.72 2.2.2.4 2.2.0.4 2.0.7 1.6.122 1.6.9 1.6.1 1.3.11.1
iqtree2 2.0.7 2 2.1.3
iva 1.0.9 2 1.0.11 1.0.9
ivar 1.3 3 1.4.4 1.4.3 1.4.22 1.3.1 1.3
jellyfish-k-mer 2.3.0 8 2.3.14 2.3.04 2.2.10 2.2.8 2.2.4 1.1.122 1.1.11 1.1.10
jmol 14.31.34 15 16.3.272 16.3.25 16.3.21 16.3.17 16.3.7 16.3.1 16.2.33 16.2.17 16.2.153 16.1.63 16.1.47 16.1.45 16.1.43 16.1.25 16.1.13 16.1.11 16.1.9 14.32.832 14.32.76 14.32.74 14.32.73 14.32.3 14.31.44 14.31.20 14.31.0 14.30.0 14.29.54 14.29.52 14.6.4+2016.11.05 14.2.9_2014.11.23 12.2.32
Project Selected Spr Newest Outdated Ignored
k8 0.2.5 2 1.0
kaiju-metagenomics 1.7.4 4 1.10.1 1.9.0 1.6.2
kalign 3.3 6 3.4.04 3.3.53 3.3.1 3.3 2.03+20110620 2.03
kma 1.3.6 4 1.5.1 1.5.0 1.4.21 1.4.15 1.4.14 1.4.11 1.3.28 1.3.23 1.3.10 1.2.21
kmc 3.1.1 2 3.2.4 3.2.1 3.1.1 2.3
kmergenie 1.7048 2 1.7051
kraken2 2.1.1 6 2.14 2.1.52 2.1.3 2.1.23 2.1.1 2.0.8~beta HEAD
kssd 1.1 2 2.21 1.1
last 1133 6 16393 1609 1592 1543 1542 14992 1453 1447 1411 1260 1179 1060 963 921 712 393
lastz 1.04.03 6 1.04.522 1.04.41 1.04.222 1.04.15 1.04.032 HEAD
libbigwig 0.4.4 9 0.4.76 0.4.6 0.4.43 9999 0.4.8
libccp4 6.5.1 7 8.0.04 6.5.12 6.4.6 6.4.5 r1896
libdivsufsort 2.0.1 14 2.0.2.1 2.0.112 HEAD 2.0.2.1.20151027
libpll 0.3.2 4 1.0.11 0.3.22 0.3.1
lighter 1.1.2 5 1.1.32 1.1.23 9999
lofreq 2.1.3.1 2 2.1.5
maker 2.31.11 2 3.01.04
mapcaller 0.9.9.39 2 0.9.9.41
mash-genome-distance 2.2.2 5 2.33 2.2.2 2.12 2.0
masurca 3.4.1 3 4.1.1 4.1.0 4.0.1
mcl 14-137 9 22.282 22-282 14-1373 14_1372 14.1372 12-135 1.008.09.149
megahit 1.2.9 9 1.2.9.20 1.2.96 1.1.4
meme-motif-discovery 5.1.0 5 5.5.82 5.5.7 5.5.42
metaphlan 1.7.8 2 4.0.4
minia 3.2.1 4 3.2.6 3.2.1+git20200522.4960a99 3.2.1 1.6906 1.6067 3.2.1.r12.g5b131b9
minigraph 0.10 2 0.212
minimap2 2.17 9 2.304 2.29 2.285 2.27 2.262 2.243 2.17 2.15 2.24.r39.g5e72423
mlst 2.19.0 2 2.23.0
mmdb2 2.0.20 6 2.0.224 2.0.1
mmtf-cpp 1.0.0 16 1.1.014 1.0.08
mosdepth 0.3.1 4 0.3.112 0.3.10 0.3.9 0.3.8 0.3.6 0.3.5 0.3.4 0.3.32 0.3.1
mothur 1.44.3 6 1.48.3 1.48.2 1.48.1 1.48.03 1.47.0 1.44.3 1.42.1 1.39.5 1.36.1 1.31.2 1.27.0 1.41.21
mpboot 1.1.0 2 1.2
mrbayes 3.2.7 9 3.2.7a4 3.2.75 3.2.6 3.2.2 3.1.2 HEAD
mummer 3.23 8 4.0.14 4.0.0rc1 3.233 3.20
muscle-sequence-alignment 3.8.1551 12 5.32 5.1.03 3.8.15515 3.8.315
nanofilt 2.7.1 2 2.8.0 2.6.0
nanopolish 0.12.0 5 0.14.03 0.13.3 0.13.2 0.11.3 0.11.0 0.9.0 0.4.0 9999 0.14.0.r10.g21c75db
ncbi-blast+ 2.2.31 2.2.26 12 2.16.06 2.14.12 2.14.0 2.13.03 2.12.0 2.11.0 2.9.0 2.8.1 2.6.0 2.2.31 2.2.29 2.2.28 2.2.26
nextflow 20.07.1 5 25.04.4 25.04.3 24.08.0-edge 24.04.3 22.04.5
nthits 0.0.1 2 1.0.2
paml 4.9j 10 4.10.92 4.10.74 4.10.6 4.9j4 4.9h 4.9g 4.9e 4.8 4.7
parasail 2.4.2 3 2.6.22 2.6 2.5 2.4.3
parsnp 1.5.2 2 2.1.3 2.0.6 2.0.3 1.7.4 1.6.2 1.5.4 1.2.1 1.2
percolator 3.05 4 3.08 3.7.1 3.06.04 3.06.01 3.05 3.02.00 3.07
phylip 3.697 9 3.6982 3.6975 3.696 3.695 3.69
phyml 3.3.20200621 9 3.3.202204086 3.3.20211231 3.3.20200621 3.3.20190909 3.3.20180621 3.3.20170530 3.2.0 2.4.5 201204122 3.3.20250515
phyx 1.01 3 1.3.22 1.3.1 1.3 1.01 0.999
pilon 1.23 4 1.242 1.23 1.22
pirate 1.0.4 2 5.9.0
Project Selected Spr Newest Outdated Ignored
plink 1.90b5 10 1.90.b6.17 1.075 1.90~b6.16-200217 1.90~b6.6-181012 1.90~b5.2-180109 1.90~b3.31-160203 1.90b3 1.9-beta6.27 1.9.r108.ga09b4443 1.90_pre140514 1.90~b7.7-241022 1.90~b7.2-231211 1.90~b6.26-220402 1.90~b6.21-201019
portcullis 1.1.0 2 1.2.3
pplacer 1.1.alpha17 3 1.1~alpha19 1.1.alpha19
pymol 2.4.0 19 3.1.07 3.0.05 2.5.7 2.5.5 2.5.08 2.4.02 2.3.03 2.2.02 1.8.6.0 1.8.4.0 1.7.2.1 1.7.0.0 0.1.0 r5647.071998658 HEAD 20250617-7e6dafa7 3.1.6.1 3.1.6 3.1.5.1 3.1.4.1 3.1.4 3.1.3.1
python:matplotlib 3.3.4 40 3.10.319 3.10.18 3.10.02 3.9.42 3.9.32 3.9.2 3.9.12 3.9.0 3.8.44 3.8.35 3.8.22 3.8.04 3.7.4 3.7.3 3.7.23 3.7.14 3.7.0 3.6.33 3.6.23 3.6.0 3.5.3 3.5.2 3.5.14 3.4.32 3.4.22 3.3.4 3.3.32 3.2.1 3.1.2 3.0.32 3.0.2 2.2.54 2.2.43 2.2.3 2.1.1 1.5.12 1.3.12 1.2.02 0.99.1.22 r49602.5e34777719
quast 5.0.2 2 5.3.0 5.0.2
quip 1.1.8 2 8.92.0
racon 1.4.13 5 1.5.03 1.4.20 1.4.10 1.4.3 1.3.2 1.5.0.r0.ga2cfcac
raptor 1.1.0 40 2.0.1630 2.0.1520 2.0.14.1 2.0.14 2.0.13 2.0.92 2.0.3 2.0.2 2.0.0 1.4.218 1.4.20 1.4.19 1.4.18 0.8.0 2022-06-06
rasusa 0.3.0 1 2.1.0 HEAD
raxml 8.2.12 9 8.2.134 8.2.126 8.2.11 8.2.4 7.2.8
repeatmasker 4.0.7 3 4.1.52
rna-star 2.7.5c 11 2.7.11b5 2.7.11.a 2.7.10b3 2.7.10a3 2.7.8a2 2.7.3a2 2.7.2a 2.7.1a 2.7.0a 2.5.4b 2.5.0a
rtg-tools 3.11 3 3.13 3.12.12
ruby:rails 1.5.1 22 8.0.27 8.0.12 7.2.2.15 7.2.2 7.1.5.14 7.1.5 7.1.4.2 7.1.3.4 7.1.2 7.0.8.73 7.0.8.6 7.0.8 7.0.7.2 7.0.7 7.0.5.1 7.0.4.33 7.0.4 7.0.2.3 6.1.7.103 6.1.7.3 6.1.7.1 6.1.4.12 6.0.6.1 6.0.3.7 6.0.2.2 5.2.8.1 5.2.4.4 5.2.4.3 5.2.4.1 5.2.32 5.2.2.1 5.2.1 5.1.7 5.1.6 5.1.4 5.0.7.2 4.2.11.3 4.2.10 4.2.6 4.2.5.1 4.0.2 3.2.19 3.2.18 3.2.16 3.2.13+1 3.0.5 2.3.5 1.5.1 1.1.6
salmon 1.3.0 8 1.10.33 1.10.22 1.10.12 1.4.0 1.2.2 0.12.0 0.7.2
sambamba 0.7.1 6 1.0.14 1.0.0 1.0 0.8.24 0.8.0 0.6.7 0.6.6
sdsl-lite 2.1.1 8 3.0.3 3.0.2 3.0.1 2.3.1 2.1.1.137 2.1.14 2.0.3 v2.1.1.r132.gddb0fbbc
sepp 4.3.10 3 4.5.5 4.5.1+really4.5.1 4.5.1 4.3.10
seqan 3.0.2 2.4.0 12 3.4.0~rc3 3.4.0-rc3 3.3.06 3.4.0-rc1 3.3.0-rc2 3.2.02 3.1.03 3.0.32 3.0.2 3.0.1 2.5.1 2.5.0 2.5.0~rc3 2.4.08 2.3.2 1.4.24 1.4.1 1.3.12 3.0.0.r465.g4cdd84b2
seqkit 0.15.0 7 2.10.05 2.9.02 2.8.22 2.5.13 2.4.0 2.3.12 2.1.0 0.15.0 HEAD
slim-simulator 3.5 3 5.0 5.0.r0.gacf0f088
snap-gene-prediction 2013-11-29 2 20131129
snpeff 4.3t 8 5.2 5.2.f 5.2.b 5.1+d 5.12 4.3t3 2017-11-24
sortmerna 2.1 5 4.3.72 4.3.6 4.3.4 4.2.0 2.1 2.0 2017-07-13
stacks 2.41 10 2.685 2.67 2.662 2.65 2.622 2.603 2.55 2.53 2.41 2.2 2.1 2.0Beta8c 1.35 1.9.14 1.9.13 1.9.12 1.9.10 1.9.7 1.9.6 1.9.5 1.9.4 1.9.3 1.9.2 1.9.1 1.9.0 1.8.3 1.8.2 1.8.1 1.8.0 1.7.6 1.7.5 1.7.4 1.7.3 1.7.1 1.7.0 1.6.3 1.6.2 1.6.1 1.5.7 1.5.6 1.5.5 1.5.4 1.5.3 1.5.2 1.5.1 1.4.7 1.4.6 1.4.5
staden-io-lib 1.14.13 5 1.15.03 1.14.15 1.14.14 1.14.13 1.14.11 1.14.9 1.14.8 1.14.6 1.13.5 1.12.4
stringtie 2.1.4 10 3.0.1 3.0.02 2.2.12 2.2.0 2.1.5 2.1.4 2.1.13 1.3.6 HEAD
subread 2.0.1 9 2.1.12 2.1.0 2.0.82 2.0.7 2.0.63 2.0.34 2.0.1 2.0.0 1.6.3 1.6.0 1.5.0-p1
sumaclust 1.0.31 4 1.0.36 1.0.35 1.0.34 1.0.31 1.0.20 1.0.10
taxonkit 0.7.2 3 0.14.2 0.19.0
tmalign 20190822 2 20220412
transdecoder 5.5.0 5 5.7.13 5.5.0 5.0.1 2.0.1
trf-tandem-repeats-finder 4.09 5 4.09.13 4.09 4.04
trimal 1.4.1 5 1.5.04 1.4.12 HEAD
trinityrnaseq 2.11.0 6 2.15.2 2.15.12 2.15.1.FULL 2.13.23 2.11.0 2.6.6 2.5.1
trnascan-se 2.0.4 6 2.0.123 2.0.11 2.0.10 2.0.9 2.0.7 2.0.5 2.0.0 1.31 1.3.1
ucsc-genome-browser 401 4 483 468 446 404 260
unicycler 0.4.7 3 0.5.1 0.5.02 0.4.8 0.4.7
unikmer 0.11.0 3 0.20.02 0.19.1 0.18.8
varscan 2.4.3 5 2.4.6 2.4.42 2.4.3 2.4.2 2.3.9
vcflib 1.0.1 5 1.0.14 1.0.13 1.0.12 1.0.3 1.0.3.r330.ga36dbe9
viennarna 2.4.17 7 2.7.04 2.6.4 2.5.1 2.4.18 2.4.17
vt 0.5772 5 0.577213 9999
wiggletools 1.2.10 3 1.2.112
wish 1.0 2 1.3 1.3.r7905f84

Legend: