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Project Selected Spr Newest Outdated Ignored
adam 0.34.0 2 1.1.1
artemis-genome-viewer 17.0.1 4 18.1.02 17.0.1.11 17.0.1 16.0.17 16.0.0
bcalm 2.2.2 3 2.2.3 2.2.1 2.2.0.r49.g890ea4a
beast2 2.6.3 3 2.6.4 2.6.3 2.6.0 2.5.1 2.4.7 2.4.4
bfc r181 2 0.2
bmdca 0.8.12 2 0.8.13
canu 1.9 6 2.1.12 2.1 2.0 1.92 1.82 1.6 r10255.g6d274143e
cap3 2015-02-11 2 20091029
centrifuge 1.0.3 3 1.0.4 1.0.3 1.0.3beta
circlator 1.5.5 2 1.5.6 1.5.5 1.4.1
delly 0.8.5 5 0.8.73 0.8.32 0.8.2 0.8.1
dida 1.0.1 3 3.9.1.0 3.7.8.8 1.0.4 1.0.4.r5.gbcb26e5
dssp 3.1.4 7 4.0.0 3.1.43 3.0.02 2.2.13
e-mem 1.0.1 4 28oct2015 1.0.12
fasta 36.3.8h 6 36.3.8h.2020.05.04 36.3.8h.2020 36.3.8h 36.3.8g2 36.3.8 36.3.5e 21.1.1
finch-rs 0.3.0 2 0.4.1
freebayes 1.3.2 7 1.3.53 1.3.2 1.3.1 1.2.03 1.1.0 1.0.1.r0.gefe685d
gffcompare 0.12.1 3 0.12.2 0.10.15-1.be56ef4
groot 1.1.2 2 18.8
hmmer 2.4i 16 3.3.28 3.34 3.2.1 3.1b22 3.1beta2 3.1_beta2 3.1b1 3.03 3 2.4i 2.3.23
infernal 1.1.3 7 1.1.44 1.1.32 1.1.2 1.1.1 1.1rc4 1.0.22
iqtree 1.6.12 5 2.1.2 2.0.6 1.6.122 1.6.9 1.6.1 1.5.3 1.3.11.1
iqtree2 2.0.7 2 2.1.3
jmol 14.31.34 16 14.31.482 14.31.47 14.31.46 14.31.444 14.31.38 14.31.352 14.31.34 14.31.20 14.31.18 14.31.8 14.30.0 14.29.54 14.29.52 14.27.2 14.6.4 14.6.02 14.2.9_2014.11.23 12.2.32 12.2.27 12.2.2 12.0.45
kma 1.3.6 3 1.3.19 1.3.14 1.3.10 1.3.2 1.2.21
kraken 1.1.1 6 2.1.1 1.1.13 1.12 0.10.5beta 0.1 r70.2c5f7ce 32.368a837
kraken2 2.1.1 4 2.1.2 2.1.12 2.0.8beta
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libbigwig 0.4.4 6 0.4.62 0.4.43 9999
libpll 0.3.2 3 1.0.11 0.3.2 0.3.1
lofreq 2.1.3.1 2 2.1.5
mash-genome-distance 2.2.2 4 2.3 2.2.2 2.12 2.0 1.1.1
masurca 3.4.1 2 4.0.1
meme-motif-discovery 5.1.0 4 5.3.3 5.2.0 4.11.2_p2
minigraph 0.10 2 0.13
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mosdepth 0.3.1 4 0.3.2 0.3.12 0.2.3
mothur 1.44.3 5 1.45.32 1.44.3 1.44.2 1.43.0 1.42.1 1.39.5 1.38.1.1 1.36.1 1.33.3 1.31.2 1.27.0 1.22.2 1.41.21
mrbayes 3.2.7 7 3.2.7a3 3.2.72 3.2.6 3.2.3 3.2.2 3.1.23
nanopolish 0.12.0 5 0.13.22 0.11.3 0.11.1-1.6331dc4 0.11.0 0.9.0 0.5.0 0.4.0 9999 0.13.2.r6.g05b1bf4
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nextflow 20.07.1 3 21.04.12
parasail 2.4.2 2 2.4.3 2.4.2
parsnp 1.5.2 2 1.5.4 1.2.1 1.2
phylip 3.697 9 3.6982 3.6974 3.6963 3.695 3.693
pilon 1.23 4 1.242 1.23
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python:matplotlib 3.3.4 39 3.4.216 3.4.13 3.4.0 3.3.47 3.3.36 3.3.2 3.3.1 3.3.0 3.2.2 3.2.14 3.1.32 3.1.22 3.1.1 3.0.33 3.0.22 2.2.55 2.2.44 2.2.35 2.2.22 2.1.2 2.1.1 2.1.0 2.0.2 2.0.03 1.5.13 1.5.0 1.4.3 1.4.2 1.3.12 1.2.1 1.2.02 1.1.1rc1.git20120423 0.99.1.22 r26679.b9b02f189
Project Selected Spr Newest Outdated Ignored
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repeatmasker 4.0.7 4 4.1.2_p1 4.0.5 4.0.1
rna-star 2.7.5c 9 2.7.9a 2.7.8a4 2.7.5c 2.7.3a2 2.7.3.a 2.7.2a 2.7.1a 2.7.0a 2.5.4b 2.5.3a 2.5.2b 2.5.0a 2.4.0k
rtg-tools 3.11 3 3.12 3.8.4
ruby:rails 1.5.1 21 6.1.48 6.1.3.24 6.1.32 6.1.2.1 6.0.43 6.0.3.73 6.0.3.52 6.0.3.4 6.0.3.3 6.0.2.2 5.2.64 5.2.4.5 5.2.4.4 5.2.4.3 5.2.4.1 5.2.34 5.2.2.1 5.2.2 5.2.12 5.1.72 5.1.6 5.1.5 5.1.42 5.0.7.2 5.0.2 4.2.11.3 4.2.11.1 4.2.10 4.2.7.1 4.2.62 4.2.5.1 4.2.4 4.1.8 4.1.1 4.0.2 3.2.19 3.2.18 3.2.16 3.2.13 3.0.5 2.3.14.1 2.3.14 2.3.5 1.5.1 1.1.6
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sambamba 0.7.1 6 0.8.04 0.7.12 0.6.7 9999
seqan 3.0.2 2.4.0 11 3.0.36 3.0.22 3.0.2rc2 3.0.1 2.4.08 2.3.2 2.3.12 2.2.0 1.4.25 1.4.1 1.3.12 1.3 9999 3.0.0.r465.g4cdd84b2 r.fcad60a
seqkit 0.15.0 5 0.16.12 0.16.0 0.15.02
snap-gene-prediction 2013-11-29 2 20131129
snpeff 4.3t 6 5.0 4.3t3 4_3t
sortmerna 2.1 4 4.2.0 2.1b 2.1 2.0
stacks 2.41 7 2.553 2.53 2.41 2.4 2.22 2.1 2.0Beta8c 1.44 1.35
staden-io-lib 1.14.13 4 1.14.14 1.14.13 1.14.11 1.14.9 1.14.8 1.14.6 1.13.7 1.13.5 1.12.42
stringtie 2.1.4 8 2.1.52 2.1.4 2.1.2 2.1.12 2.0.4 1.3.6 1.2.1
subread 2.0.1 5 2.0.2 2.0.12 2.0.0 1.6.3 1.6.02 1.5.1 1.5.0
sumaclust 1.0.31 3 1.0.36 1.0.35 1.0.34 1.0.31 1.0.20 1.0.10
trf-tandem-repeats-finder 4.09 4 4.09.1 4.09 4.07b 4.04
trnascan-se 2.0.4 5 2.0.7 2.0.52 2.0.3 2.0.0 1.31 1.3.1
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wish 1.0 2 1.3 1.3.r7905f84

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